Сложность создания универсального вычислителя может быть связана с несколькими факторами:

• Необходимость решения задач масштабируемости и энергопотребления. 3 Увеличение числа ядер в вычислительных системах требует разработки специальных методов и средств. 3
• Проблемы оптимального использования оборудования. 3 Они возникают при обработке потоков разнородных задач. 3
• Сложность использования многоядерных, многопроцессорных и кластерных структур. 1 Для них нужны специальные средства программирования, так как изначально программы не являются параллельным представлением алгоритмов решения задач. 1
• Проблема представления прикладной задачи как композиции формальных алгоритмов. 2 Большинство актуальных задач выходят за рамки отдельно взятого формального алгоритма. 2
• Сложность разработки специализированных аппаратных средств. 2 Создание таких средств идёт вслед за алгоритмическим проектированием и поэтому на порядок сложнее и затратнее. 2
• Проблема алфавита. 5 Универсальный вычислитель должен иметь определённый алфавит, который не может изменяться. 5 При этом заранее неизвестно, с какими алфавитами будут работать другие машины, которые будет интерпретировать универсальный вычислитель. 5