Сложности в изучении происхождения шаровой молнии заключаются в следующем:

• Редкое и внезапное появление. 1 Из-за этого учёным не удаётся воспроизвести свидетельства очевидцев и провести подробные наблюдения и измерения свойств молний. 1
• Невозможность воссоздать явление в лабораториях. 1 Внешне шаровые молнии похожи на плазменные объекты, которые не могут долго существовать в лабораторных условиях. 1
• Сомнения в достоверности многих свидетельств очевидцев. 2 Это осложняет изучение явления, а также создаёт почву для появления разных спекулятивно-сенсационных материалов, якобы связанных с шаровой молнией. 2

Кроме того, за века, прошедшие с самых первых сохранившихся свидетельств очевидцев, учёные выдвинули слишком много различных гипотез, способных объяснить этот феномен. 4