Роль водородных связей в формировании вторичной структуры белка заключается в том, что они стабилизируют периодически повторяющиеся элементы этой структуры. 2

Некоторые аспекты влияния водородных связей:

• Образование альфа-спирали. 2 При формировании происходит закручивание скелета полипептидной цепи в виде спирали вокруг воображаемой оси. 2 При этом сближаются пептидные связи, что способствует образованию внутримолекулярных водородных связей между NH-группами, находящимися на одном витке, и CO-группами, расположенными на другом витке спирали. 2
• Образование бета-слоя (складчатого слоя). 2 Структура формируется двумя параллельно или антипараллельно расположенными участками полипептидной цепи. 2 Она стабилизируется за счёт водородных связей, которые образуются между расположенными рядом остовами полипептидной цепи. 2

Несмотря на то, что водородные связи слабее ковалентных, их значительное количество делает структуры типа альфа-спирали или бета-складчатого слоя достаточно прочными. 2

При этом водородные связи, формирующие вторичную структуру белка, непрочны и могут легко разрываться под действием различных физических факторов — облучения, температуры и других. 1