Роль внутримолекулярных взаимодействий на поверхности белка заключается в поддержании определённой структуры молекулы. 1

За счёт внутримолекулярных взаимодействий, в частности притяжения положительных и отрицательных зарядов, свернутая молекула белка сохраняет свою форму, даже когда структура находится на грани перехода в другое состояние. 1

Кроме того, внутримолекулярные взаимодействия участвуют в образовании комплексов белка с другими молекулами. 12 Если взаимодействующие молекулы имеют комплементарную структуру, то есть против отрицательно заряженных групп одной молекулы находятся положительно заряженные группы другой и наоборот, то образуется прочный комплекс. 2

Также внутримолекулярные взаимодействия влияют на формирование пространственной структуры белка, в частности обеспечивают пространственную ориентацию молекулы биополимера за счёт гидрофобных взаимодействий. 45