Роль стоп-кодонов в процессе эволюции вирусов заключается в следующем:

• Создание бессмысленных генетических фрагментов. 1 Стоп-кодоны в неправильных местах делают прерываемые ими генетические фрагменты неспособными к образованию нормально функционирующих белков. 1
• Защита от иммунной системы. 4 Вирусы, геномы которых представлены РНК, мутируют очень быстро, что нередко приносит им пользу, потому что иммунная система, эффективно распознающая одни варианты вирусных антигенов, оказывается бессильна против слегка изменённых. 4
• Оптимизация эффективности кодирования. 1 Выравнивание границ кодонов в амбиграмматических вирусах позволяет стоп-кодонам в процессе эволюции исчезать из обратной последовательности, не разрушая фермент репликации, кодируемый прямой последовательностью. 1