Роль самоопыления в создании чистых линий растений заключается в повышении гомозиготности. 1 Через 3–4 поколения возникают генетически однородное потомство, полученное индивидуальным отбором от одной особи или пары особей в ряду поколений. 1

У самоопыляющихся растений не происходит накопления неблагоприятных рецессивных мутаций, так как они быстро переходят в гомозиготное состояние и устраняются естественным отбором. 1

Чистые линии необходимы для наследственного закрепления желательных, ценных признаков, а также для проведения межлинейного скрещивания. 1

Однако вследствие инбридинга чистые линии могут характеризоваться пониженной жизнеспособностью. 5 Кроме того, между ними изредка происходит обмен наследственной информацией, а также спонтанно возникают различные мутации, которые нарушают однородность чистой линии. 5