Роль PAM-последовательности в системе CRISPR заключается в том, что она помогает отличать свою ДНК от чужеродной. 4

Протоспейсеры в вирусной (или плазмидной) ДНК расположены рядом с PAM-мотивами, в геномной ДНК клетки в норме PAM-мотивов содержаться не должно. 4 Если за последовательностью ДНК-мишени не следует PAM, нуклеаза Cas9 не будет успешно связываться или расщеплять её. 15

Кроме того, PAM — это участки связывания белков, важных для выщепления протоспейсера, и своеобразные подсказки для CRISPR-системы, что найденный спейсером участок относится к чужеродной ДНК. 3