Роль микронуклеуса в жизнедеятельности инфузорий заключается в обеспечении полового процесса (конъюгации). 23
При конъюгации две инфузории соединяются в области клеточных ртов, между ними возникает цитоплазматический мостик. 1 Большие ядра в каждой особи разрушаются, а малые делятся. 2 Затем инфузории обмениваются малыми ядрами: одно из ядер каждой особи перетекает в другую клетку и там сливается с оставшимся ядром. 2 Таким образом осуществляется обмен наследственной (генетической) информацией и повышается генетическое разнообразие вида. 2
Вне периода конъюгации микронуклеус неактивен или малоактивен, однако экспериментальное удаление его или его разрушение (при сохранении макронуклеуса) обычно ведёт к потере клеткой жизнеспособности. 5