Роль клубеньковых бактерий в экосистеме заключается в том, что они фиксируют молекулярный азот из атмосферного воздуха и синтезируют органические азотсодержащие соединения. 12

Вступая в симбиоз с бобовыми растениями, клубеньковые бактерии образуют на их корнях клубеньки и переводят газообразный азот в легко доступные для усвоения растениями соединения. 1

Благодаря симбиозу клубеньковых бактерий и бобовых растений почва обогащается содержанием азота, что обеспечивает повышенную питательность и урожайность растений, а также обновление почвы и повышение её плодородия. 12

Кроме того, клубеньковые бактерии широко используются в качестве бактериальных удобрений в виде препаратов нитрагин, ризоторфин и других. 5