Роль интерфейса JTAG в программировании микроконтроллеров заключается в том, что он позволяет программировать не только сам микроконтроллер, но и подключённую к его выводам микросхему флэш-памяти. 2

Существует два способа программирования флэш-памяти с использованием JTAG: через загрузчик с последующим обменом данными через память процессора, либо через прямое управление выводами микросхемы. 2

Также через JTAG-интерфейс можно прошивать программный код микроконтроллера, считать его в процессе исполнения, изменить или усовершенствовать прямо сразу на плате. 5

Ещё одна функция JTAG — внутрисхемная отладка. 3 В режиме отладки через JTAG-адаптер микроконтроллер подключается напрямую к среде программирования и отладки, например к AVR Studio. 3 Становится доступным пошаговое выполнение кода, просмотр и изменение всех регистров, работа со всей периферией в реальном микроконтроллере. 3