Роль гетерохроматина в регуляции генной активности заключается в подавлении экспрессии генов. 14

Гетерохроматин плотно упакован и менее доступен для транскрипции, что делает его районы в функциональном отношении слабоактивными. 13 Например, при инактивации Х-хромосомы в клетках самок млекопитающих одна Х-хромосома упаковывается в факультативный гетерохроматин, и экспрессия её генов подавляется, тогда как другая остаётся в эухроматическом состоянии и экспрессируется. 1

Также гетерохроматин участвует в регуляции транскрипции генов, в особенности генов рибосомальных РНК, и играет важную роль в правильной постановке хромосом во время деления клетки. 2