Роль филогенеза в понимании эволюции организмов заключается в том, что исследование филогенеза помогает выяснить происхождение, родственные связи и процессы исторических преобразований разных групп организмов. 5

Некоторые аспекты роли филогенеза:

• Прослеживание эволюционного пути группы. 2 Исследователь филогенеза должен определить предка группы и указать ближайших родственников среди современных видов. 2
• Восстановление хода исторического развития. 3 Так как процесс филогенеза длится десятки и сотни миллионов лет, его нельзя наблюдать. 2 Его приходится восстанавливать косвенным путём. 2
• Построение естественной системы организмов. 5 Изучение филогенеза служит основой для развития общей теории эволюции и более глубокого изучения таксономических групп. 35
• Важность для исторической геологии и стратиграфии. 5 Выводы филогенетики важны также для этих областей. 5