Роль эпигенетических факторов в онтогенезе заключается в следующем:

• Влияние на клеточную дифференцировку, рост и развитие целостного многоклеточного организма. 3 Эпигенетические механизмы регулируют структуру хроматина, влияя на генную экспрессию, репарацию ДНК и рекомбинацию. 3
• Обеспечение оперативной адаптации организма к условиям существования. 45 Эпигенетические модификации часто бывают обратимыми и обеспечивают необходимую пластичность для ответа клеток-предшественников на средовые сигналы. 4
• Сохранение общей стабильности взрослого фенотипа. 2 При возникновении нарушений процессов нормального развития эпигенетические механизмы могут направить морфогенез по «обходным путям», приводящим к формированию нормального (неизменённого) фенотипа. 2
• Инактивация Х-хромосом у эмбриона. 1 С помощью метилирования одна женская Х-хромосома отключается, это уравнивает самок и самцов в передаче генетики потомству и не допускает перекоса в наследовании. 1