Роль B-хромосом в эволюции и развитии живых организмов заключается в следующем:

• Увеличение разнообразия генома. 1 За счёт нейтрального накопления в B-хромосомах мутаций и их возможных потенциальных перемещений в A-хромосомы разнообразие генома и скорость его преобразований могут увеличиться. 1
• Создание новых элементов. 2 В B-хромосомах могут образовываться новые гены или происходить слияние фрагментов генов из разных частей генома. 2
• Помощь в выживании. 1 Вариабельность числа и морфологии добавочных B-хромосом у ряда видов способствует выживанию особи в необычных и экстремальных для неё условиях. 1
• Повышение адаптивного потенциала. 1 Например, у растений B-хромосомы могут делать их более устойчивыми к засухе и низким температурам. 1