Разница между синэкологией и биогеоценологией заключается в объектах изучения:

1. Синэкология — раздел экологии, изучающий сообщества организмов (биоценозы, экосистемы) и их взаимоотношения между собой и со средой обитания: формирование сообществ, их энергетику, структуру, динамику, историческое развитие и др.. 5
2. Биогеоценология — наука о комплексах живых и неживых компонентов природы, между которыми происходит причинно-наследуемое взаимодействие и которые в совокупности образуют сложные биокостные экосистемы — биогеоценозы. 6

Таким образом, синэкология фокусируется на изучении биоценозов и их взаимоотношений, в то время как биогеоценология изучает взаимодействие биотических и абиотических факторов в экосистеме на уровне биоценоза, биогенную миграцию химических элементов, изменение и смену сообществ и т.д.. 1