Разница между орфограммами в корне и в приставках заключается в том, что орфограммы в корне относятся к написаниям в самой главной части слова — корне, в котором содержится его лексическое значение. 3 К таким орфограммам относятся, например, проверяемые и непроверяемые написания, чередующиеся гласные, гласные после шипящих и Ц, непроизносимые и «сомнительные» согласные. 1

Орфограммы в приставках связаны с написаниями в приставках — частих слова, которые служат для образования новых слов. 13 Например, под-бежать — подо-йти (под- и подо- — варианты одной и той же приставки). 3

Таким образом, основное различие заключается в том, что орфограммы в корне относятся к написаниям в основной части слова, а орфограммы в приставках — к написаниям в частях, которые служат для образования новых слов.