Разница между MERGE и стандартными командами UPDATE, INSERT и DELETE заключается в их назначении и функциональности:

1. MERGE объединяет последовательность инструкций INSERT, UPDATE и DELETE в одну элементарную инструкцию, в зависимости от существования записи (строки). 1 С её помощью можно синхронизировать две разные таблицы, чтобы модифицировать содержимое таблицы назначения в зависимости от различий, обнаруженных в таблице-источнике. 1
2. UPDATE используется для модифицирования строк таблицы. 1 С её помощью данные можно модифицировать только в одной таблице. 1
3. INSERT используется для вставки новых данных. 3
4. DELETE используется для удаления данных. 3

Таким образом, MERGE позволяет сократить объём кода и совместить в рамках одного оператора функционал всех трёх операторов — INSERT, UPDATE и DELETE. 3