Разница между эпигенетическим наследованием и классическим генетическим наследованием заключается в стабильности и воспроизводимости эффектов. 14

При классическом («генетическом») наследовании происходит передача признаков из одного поколения особей в другое. 2 В этом случае фенотип зависит от взаимодействия рецессивного и доминантного аллелей гена, которые отличаются последовательностями ДНК. 2 Генетически обусловленные признаки могут воспроизводиться неограниченно долго, пока в соответствующем гене не возникает определённое изменение (мутация). 1

При эпигенетическом наследовании происходит передача функционального состояния гена («вкл» или «выкл») внутри особи из одного клеточного поколения в другое. 2 Это состояние меняется по мере развития особи и не связано с последовательностью нуклеотидов, а зависит от модификаций гистонов. 2 Вызванные определёнными стимулами эпигенетические изменения обычно воспроизводятся в ряду клеточных поколений в пределах жизни одного организма. 1 Когда они передаются дальше, то могут воспроизводиться не более 3–4 поколений, а потом, если стимул, который их вызвал, исчезает, постепенно сходят на нет. 1