Разница между эффектом основателя и генетическим дрейфом заключается в причинах и условиях возникновения этих явлений.

Эффект основателя возникает, когда новую популяцию формируют лишь несколько особей из исходной популяции. 2 При этом новая популяция образуется из небольшого числа особей с ограниченным генетическим разнообразием. 2 Это приводит к сокращению генетического разнообразия и случайным изменениям в частотах аллелей по сравнению с первоначальной популяцией. 2

Генетический дрейф — это случайные колебания частоты аллелей гена в ряду поколений популяции с ограниченной численностью. 3 Причина дрейфа — вероятностный характер процесса оплодотворения на фоне ограниченного числа потомков. 3 Дрейф генов носит непредсказуемый характер: маленькая популяция может погибнуть из-за него, а может, наоборот, стать более жизнеспособной в данной среде и проявить дивергентность по отношению к родительской популяции. 8

Таким образом, эффект основателя связан с формированием новой популяции из небольшой группы особей, а генетический дрейф описывает случайные изменения в частоте аллелей в ограниченной по численности популяции.