Разница между аннотациями SOURCE и RUNTIME в Java заключается в их доступности на разных этапах жизненного цикла программы: 1

• SOURCE — аннотация доступна только в исходном коде и удаляется при компиляции. 1 Обычно используется для каких-либо препроцессоров или указаний компилятору. 3
• RUNTIME — аннотация сохраняется в .class файле и доступна во время выполнения программы. 1 Используется в качестве меток в коде, которые напрямую влияют на ход выполнения программы. 3

Таким образом, SOURCE используется, когда аннотация нужна только для проверки ошибок во время компиляции, как это делает @Override, а RUNTIME — когда аннотация нужна для обеспечения функциональности в рантайме, например, @Test в JUnit. 2