Проблема «способа бытия таксона» заключается в вопросе о том, как существуют и устроены таксоны, похожи ли они на какие-либо известные науке объекты или же представляют собой что-то до сих пор неизвестное. 13

Некоторые аспекты этой проблемы:

• Поиск существенных признаков как основания индивидуальности таксона. 1 Эта постановка вопроса присутствует уже в исследованиях античных ботаников, которые выявили несовпадения своих представлений о группах растений с представлениями предшествующих исследователей. 1
• Поиск границ между классами как основания индивидуальности класса (таксона). 1 Впервые эта проблема была выявлена К. Линнеем как проблема естественности классов. 1
• Поиск устойчивости ранга таксона как основания его индивидуальности. 1 Суть проблемы в вопросе о реальности таксономических категорий (рангов) «вид», «род», «семейство» и других — существуют ли они как особые объекты в природе самой по себе. 1
• Поиск основания реальности таксонов как индивидов во времени. 1 Эта проблема требует развития особой онтологии, учитывающей недолговечность живых организмов, вследствие чего основой существования живого оказываются не сами организмы, а наследственные характеристики, воспроизводящиеся в живых организмах во времени. 1