Основная проблема синтеза белков заключается в чрезвычайной сложности белковых молекул. 25

В молекулы даже самых простых белков входят сотни остатков аминокислот, а в большинстве природных белков число аминокислот составляет несколько тысяч. 1 Белки синтезируют из аминокислот, «пришивая» их одну за другой к одному из концов молекулы. 1 При этом необходимо провести несколько тысяч таких реакций. 12

Некоторые проблемы, связанные с большим числом последовательных стадий синтеза:

• Получение чистого продукта. 12 Если очистить продукт реакции недостаточно тщательно, то примеси будут накапливаться на каждой стадии, и в результате вместо одного белка получится очень сложная смесь белков разного состава, разделить которую на компоненты невозможно. 1
• Маленький выход продуктов реакции. 12 На практике выход почти никогда не бывает равен 100%. 12
• Сложность определения структуры белка. 2 Ключевой этап определения структуры белка — расшифровка последовательности аминокислот в первичной структуре. 2 Это чрезвычайно трудоёмкая процедура, поэтому первичная структура надёжно установлена только для достаточно простых белков. 2