Принципиальное отличие системы ввода-вывода и микропрограмм процессора суперкомпьютерной техники от обычных ПК заключается в многопроцессорной архитектуре. 14 Она обладает большей производительностью, чем многоядерная. 14

При этом у отдельных блоков суперкомпьютеров те же самые порты ввода-вывода: USB, Ethernet, COM и т. д.. 1 Микропрограммы процессора тоже зависят от его системы команд, но системы команд процессоров, используемых в суперкомпьютерах, не обязаны совпадать с х86 или AMD64. 1 Это могут быть PowerPC, MIPS, ARM и даже собственные разработки. 1

В качестве операционных систем для суперкомпьютеров обычно выбираются UNIX/POSIX-совместимые, например, Debian или сборка на основе любого другого ядра Linux. 1