Принцип работы метода инвертированной ПЦР заключается в том, что перед проведением ПЦР с помощью серии ферментативных реакций как бы приклеивают известные фрагменты на концы неизвестного, чтобы можно было его амплифицировать. 2

Этот вариант используют, когда известна последовательность (сиквенс) какого-то участка ДНК, но нужно амплифицировать вовсе не его, а то неизвестное, что его окружает. 2 Например, необходимо узнать, в какое место генома встроился вирус с известным сиквенсом. 1

Инвертированная ПЦР состоит из нескольких этапов: 1

1. ДНК, где есть участок с известной последовательностью, разрезают крупнощепящей рестриктазой на фрагменты длиной несколько т.п.н.. 1
2. Ферментом лигазой полученные фрагменты закольцовывают. 1
3. Используя праймеры к известной последовательности, но ориентированные кнаружи от неё, амплифицируют ту самую, неизвестную, которую потом можно, например, секвенировать. 1