Принцип метода электрофореза белков заключается в разделении смеси белков на фракции или индивидуальные белки с помощью электрического тока в проводящей среде в зависимости от их размера и заряда. 1

Физически принцип метода заключается в следующем: 4

1. Находящиеся в буферном растворе макромолекулы обладают суммарным электрическим зарядом, величина и знак которого зависят от рН среды. 4
2. Если через этот раствор, заключённый в канал из изолирующего материала, например стеклянную трубку, начать пропускать электрический ток, то вдоль канала установится определённый градиент напряжения, то есть сформируется электрическое поле. 4
3. Под действием поля макромолекулы в соответствии со своим суммарным зарядом мигрируют в направлении катода или анода, причём их трение об окружающую среду ограничивает скорость миграции. 4
4. В зависимости от величины заряда и размеров молекулы приобретают разные скорости, и в этом — сущность процесса электрофореза. 4 Постепенно исходный препарат, состоявший из различных молекул, разделяется на зоны одинаковых молекул, мигрирующих с одной и той же скоростью. 4