Принцип комплементарности при взаимодействии белков с лигандами заключается в пространственном и химическом соответствии взаимодействующих молекул. 5

В активном центре белка связываются только те вещества (лиганды), которые соответствуют уникальным свойствам активного центра, то есть соответствуют ему по размеру, форме, расположению зарядов. 1

Комплементарность включает в себя как геометрическую комплементарность, когда выступы на поверхности одной молекулы точно совпадают с впадинами на поверхности другой молекулы, так и химическую комплементарность, при которой в нужных позициях оказываются именно те атомы и функциональные группы, которые и формируют водородные связи или электростатическое притяжение. 4

Благодаря комплементарности связывание лигандов в активных центрах специфично. 1