Практическое применение метода квадратов в криптографии заключается в замене символов. 1 Каждый символ заменяется числом, которое соответствует его позиции в магическом квадрате. 1 Затем, для зашифровки сообщения, каждый символ заменяется соответствующим числом из магического квадрата. 1 Расшифровка происходит обратным образом: числа заменяются символами или буквами. 1

Также в криптографии используются латинские квадраты. 4 Например, в протоколе потокового шифрования Edon80 применяется связка из 80 специально отобранных латинских квадратов. 4 Кроме того, матрица применяется в схемах разделения секрета. 4

Ещё один метод, который используется в криптографии, — алгоритм Square & Multiply (возведения в квадрат и умножения). 35 Его применяют при вычислениях с очень большими числами, чтобы сократить время шифрования. 3