Практическое применение метода подстановки в криптографии заключается в том, что каждый символ открытого текста заменяется другим символом того же алфавита. 12 Конкретный вид замены определяет секретный ключ. 1

Некоторые виды шифров подстановки:

• Одноалфавитный шифр подстановки (например, шифр простой замены, шифр Цезаря). 2 При нём каждый символ открытого текста заменяется на некоторый, фиксированный при данном ключе символ того же алфавита. 2
• Однозвучный шифр подстановки (например, книжный шифр). 2 Похож на одноалфавитный, за исключением того, что символ открытого текста может быть заменён одним из нескольких возможных символов. 2
• Полиграммный шифр подстановки (например, шифр Плейфера). 2 Заменяет не один символ, а целую группу. 2
• Полиалфавитный шифр подстановки (например, шифр Виженера, шифр Бофора, одноразовый блокнот). 2 Состоит из нескольких шифров простой замены. 2

Также метод подстановки используется в современных криптографических алгоритмах, например ГОСТ 34.12-2018, AES, ARIA, Khazad, где 8-битовые подстановки являются единственными нелинейными элементами конструкции. 5