Практическое применение знаний о классификации микроорганизмов в различных областях науки заключается в следующем:

• В пищевой промышленности. 25 Микроорганизмы используются для производства многих пищевых продуктов и различных биологически активных веществ, таких как ферменты, аминокислоты, витамины, антибиотики. 2
• В сельском хозяйстве. 3 Микроорганизмы применяют для синтеза удобрений и борьбы с вредителями. 3 Например, из культур клубеньковых бактерий делают бактериальные удобрения, а бактерии и грибы, убивающие своими токсинами насекомых и их личинок, используют для производства соответствующих препаратов. 3
• В медицине. 15 Из микроорганизмов создают вакцины, которые предохраняют животных или человека от заболеваний. 3 Например, высушенные клетки молочнокислых бактерий используют для лечения кишечных заболеваний человека и сельскохозяйственных животных. 3
• В экологии. 5 Экологическая микробиология изучает микроорганизмы в почве, воде и воздухе и применяет их для биоремедиации с целью уменьшения загрязнения окружающей среды путём биологического разложения загрязняющих веществ в нетоксичные или менее токсичные вещества. 5