Практическая значимость реципрокного скрещивания заключается в том, что оно позволяет определить роль пола в наследовании признака. 1 Также с его помощью можно выяснить, от какого из родителей потомству передаются цитоплазматические наследственные факторы. 1

Кроме того, результаты реципрокного скрещивания могут помочь совершенствовать мясные породы скота. 35 Например, исследования, проведённые с калмыцкой и мандолонгской породами крупного рогатого скота, показали, что на формирование мясной продуктивности помесного молодняка большее влияние оказывает отцовская порода. 35

Также, как было установлено на примере гусей кубанской и холмогорской пород, реципрокное скрещивание способствует повышению жизнеспособности и интенсивности роста гусят, выращиваемых на мясо, что в конечном итоге увеличивает рентабельность производства мяса на 8,6–14,7%. 2