Отличие теории функциональных систем от рефлекторной теории поведения заключается в следующем:

1. Рефлекторная теория рассматривает поведение как реакцию организмов на воздействие разнообразных факторов внешней среды. 3 Поведение завершается в ответ на действие стимула действием. 1
2. Теория функциональных систем не останавливается на действии как таковом, а доводит анализ поведения до полезного адаптивного результата. 1 Живым существам важны не действия, а результаты деятельности, удовлетворяющие их биологические и другие потребности. 1
3. В теории функциональных систем поведение детерминировано не только внешними стимулами, но и внутренними потребностями, генетическим и индивидуальным опытом. 7
4. Поведенческий акт разворачивается с опережением реальных результатов поведения, что позволяет сравнивать реально достигнутое с запланированным на основе прошлого опыта и корректировать своё поведение. 7