Основное применение программы Concatenator в молекулярной биологии —  упрощение обработки матриц данных путём преобразования форматов и объединения фрагментов в одном файле. 25

Некоторые функции программы:

• Анализ входных файлов. 1 Программа предоставляет список маркеров, количество таксонов и отсутствующие нуклеотиды. 1
• Редактирование маркеров. 1 Можно удалять, переставлять или переименовывать маркеры, выравнивать выбранные маркеры, добавлять информацию о подгруппах кодонов и экспортировать данные в разных форматах. 1
• Подготовка файлов для других программ. 25 Например, объединённые файлы можно подготовить для тестов в программах PAUP и MRBAYES. 25

Concatenator подходит для филогенетических проектов среднего размера и может обрабатывать наборы данных, содержащие до 30 000 маркеров. 13