Основная трудность в изучении системы корневых морфем заключается в следующем:

• Многообразие морфов, ведущее к их смешению и неверному выделению. 1
• Сложности в определении словообразовательного или грамматического значения морфов, особенно тех, которые встречаются редко. 1
• Наличие омонимичных морфов с разным значением (например, суффикс -ин- в составе слов «мамин», «телятина», «тишина» и др.). 1
• Фонетические изменения морфов, а также наличие интерфиксов — элементов, не являющихся морфами, но обеспечивающих их «сцепление» в слове (например, кофе-й-ник, боле-ль-щик, лес-о-полоса). 1
• Понимание семантической общности однокоренных слов, что связано с умением абстрагировать смысловое значение корня от лексического значения каждого из слов, составляющих группу однокоренных. 5