Основная проблема регистрации данных при наблюдении за поведением заключается в категоризации поведенческих актов и параметров поведения. 15 Наблюдатель должен уметь точно устанавливать отличие по поведенческому акту одной категории от другой. 5

Также велико влияние субъекта исследования — наблюдателя, его индивидуально-психологических особенностей. 15 Субъективную интерпретацию данных наблюдения можно снизить, используя средства регистрации (аудио- и видеозапись). 1 Однако субъективную оценку нельзя исключить на этапе вторичной интерпретации результатов. 1

Ещё одна проблема — воздействие наблюдателя на поведение наблюдаемого. 4 Чтобы минимизировать это воздействие, наблюдателю необходимо «примелькаться», то есть чаще появляться в окружающей среде, заниматься каким-нибудь делом, не акцентировать внимание на наблюдателе. 4