Основная особенность системного анализа по сравнению с математическим моделированием заключается в том, что системный анализ ориентирует исследователя не на предложение сразу окончательной модели, как это происходит при математическом моделировании, а на разработку методики, которая позволяет постепенно формировать модель, обосновывая её адекватность на каждом шаге формирования. 1

Кроме того, системный анализ применяется в случаях, когда задача не может быть сразу представлена и решена с помощью формальных и математических методов, то есть имеет место большая начальная неопределённость проблемной ситуации и многокритериальность задачи. 3

Таким образом, в отличие от математического моделирования, системный анализ фокусируется на постепенном процессе формирования модели и учитывает факторы неопределённости и многокритериальности. 13