Основная критика принципа фальсифицируемости в современной науке заключается в следующих положениях:

• Не все теории могут быть строго опровергнуты. 2 Научный метод часто требует более сложного подхода, чем простое опровержение гипотез. 2
• Требование немедленно отбрасывать теорию не согласуется с реальной практикой науки. 1 Научное сообщество часто вынуждено сохранять даже опровергнутую теорию до создания более успешной. 1
• Применение принципа фальсифицируемости в ряде наук (например, в экономике) может быть деструктивным, поскольку ведёт к признанию их антинаучного характера. 1
• В силу системного характера научного знания эмпирическая проверка отдельно взятых положений теории может быть невозможна, при сохранении, однако, возможности проверки теории как целостной конструкции. 1
• Идея фальсифицируемости не является универсальным методологическим регулятивом, заранее невозможно указать, в каких ситуациях учёный, ведущий исследования и создающий научные теории, должен беспрекословно следовать этому принципу. 3