Научная ценность заповедника «Ростовский» заключается в сохранении и изучении природы в степной экосистеме. 1

Территория заповедника представляет собой сеть участков сухостепных экосистем, расположенных в долине Западного Маныча с сохранившимися фрагментами целинных степей и водно-болотными угодьями, населёнными флорой и фауной, мало изменённой хозяйственной деятельностью человека. 2

Некоторые направления научной деятельности заповедника:

• изучение популяции вольно живущих лошадей на острове «Водный» и разработка мероприятий по её управлению; 3
• исследования по экологии питания вольно живущих лошадей; 3
• исследование различных систематических и экологических групп наземных беспозвоночных и позвоночных животных; 3
• комплексное изучение флоры и растительности; 3
• мониторинг восстановительных сукцессий нарушенных степных экосистем в условиях заповедного режима; 3
• наблюдения за погодой на метеорологическом посту, расположенном на Визит-центре заповедника. 3

Также научный отдел заповедника активно участвует в региональных исследованиях живой природы: его сотрудники стали соавторами Красной книги Ростовской области 2014 года, привлекаются в качестве экспертов при проведении экологических экспертиз, проектировании новых и оптимизации сети существующих ООПТ регионального значения. 3