Некоторые методологические ошибки, которые критикуют при использовании абдукции в научных исследованиях:

• Отсутствие рациональной связи между фактами и гипотезой. 3 Некоторые философы науки считают, что для объяснения фактов могут быть использованы совершенно разные гипотезы. 3
• Предполагание, что гипотеза, которая предлагается для объяснения фактов, частично известна. 3 В абдуктивном рассуждении такая гипотеза не используется в прежнем виде: она либо обобщается, либо применяется к другим случаям, либо прежние элементы старой гипотезы объединяются в новую систему. 23
• Недооценка различия между разновидностями правил. 15 По мнению Хинтикки, абдуктивный вывод производится в основном по стратегическим правилам, а не по определительным (пошаговым). 5

Однако есть и защитники абдукции, например, Я. Хинтикка, который считал, что правильность абдуктивных умозаключений должна быть обоснована с помощью стратегических принципов. 3

Таким образом, нет единого мнения о том, в чём заключается методологическая ошибка при использовании абдукции в научных исследованиях.