Метод Саузерн-блоттинга для анализа ДНК заключается в переносе разделённых электрофорезом в агарозном геле фрагментов ДНК на мембранный фильтр и последующем обнаружении в них известной последовательности из ДНК-зонда с помощью гибридизации с ним. 2

Процесс включает несколько этапов: 1

1. Выделение высокомолекулярной геномной ДНК из клетки. 1
2. Ферментативное расщепление ДНК разными рестриктазами с образованием фрагментов разного размера. 1
3. Разделение рестрикционных фрагментов в агарозном геле. 1
4. Денатурация фрагментов ДНК щелочным раствором. 1
5. Нейтрализация геля буферным раствором. 1
6. Капиллярный перенос фрагментов на нейлоновый или нитроцеллюлозный фильтр. 1
7. Гибридизация с одноцепочечными радиоактивными зондами. 1
8. Авторадиография для выявления гибридов: исследуемая ДНК/зонд. 1

Гибридизация зонда со специфическим фрагментом ДНК на мембране фильтра указывает на то, что этот фрагмент содержит последовательность ДНК, комплементарную последовательности нуклеотидов зонда. 2