Метод разделения молекул ДНК по длине с помощью электрофореза основан на разной скорости движения фрагментов разной длины при движении в геле под действием внешнего электрического поля. 34
Процесс происходит так: ДНК помещают в гель (обычно агарозный для относительно длинных и сильно отличающихся молекул или полиакриламидный для электрофореза с высоким разрешением), который помещают в постоянное электрическое поле. 1 Молекулы ДНК, заряженные отрицательно, движутся к положительному электроду (аноду). 5
Скорость движения молекул зависит от их длины: чем она длиннее, тем сильнее ей мешает двигаться гель и, соответственно, тем ниже скорость. 1
После электрофореза смеси фрагментов разных длин в геле образуют полосы, соответствующие фрагментам одной и той же длины. 1 С помощью маркеров (смесей фрагментов ДНК известных длин) можно установить длину молекул в образце. 1
Для разделения фрагментов ДНК разной длины используют гель с различной концентрацией агарозы: чем меньше длина разделяемых фрагментов ДНК, тем больше должна быть концентрация агарозы. 34