Ключевое различие между трофической и пространственной структурой экосистем заключается в их характере и описании.

Трофическая структура описывает пищевые взаимоотношения организмов в экосистеме. 2 Она включает в себя трофические уровни — совокупности организмов с одинаковым типом питания, занимающих определённое положение в пищевой цепи. 12 Основной способ движения веществ и энергии в экосистеме — питание. 2

Пространственная структура описывает расположение популяций разных видов в экосистеме. 1 Она характеризуется распределением организмов (в основном растений) по чётко ограниченным в пространстве (по вертикали и/или по горизонтали) элементам структуры — ярусам и микрогруппировкам. 12

Таким образом, трофическая структура фокусируется на пищевых связях и процессах, в то время как пространственная структура описывает расположение организмов и их распределение в экосистеме.