Ключевое различие между промоторами прокариотических и эукариотических генов заключается в их организации:

• У прокариот гены собраны в опероны, то есть несколько генов находятся друг за другом и имеют общий промотор (место старта трансляции). 3 Промотор контролирует все гены, расположенные ниже по течению. 2
• У эукариот гены не образуют оперонов, каждый ген обладает своим промотором. 1 Помимо промотора, в качестве регуляторных элементов у эукариот выступают энхансеры (усиливают транскрипцию) и сайленсеры (уменьшают транскрипцию). 2

Также у эукариот активирование транскрипции связано с множеством сложных изменений структуры хроматина в транскрибируемой области. 4