Ключевое отличие экологической биотехнологии от промышленной заключается в целях и задачах. 13

Промышленная биотехнология направлена на получение целевых продуктов, таких как биомасса, образующаяся в результате жизнедеятельности организмов, и продукты их метаболизма (белки, ферменты, аминокислоты, полисахариды, антибиотики, витамины, полиэфиры и другие). 1

Экологическая биотехнология же ориентирована на решение задач улучшения качества окружающей среды и рационального природопользования. 13 Некоторые из таких задач: утилизация отходов, очистка стоков и газовоздушных выбросов, создание альтернативных и безвредных для окружающей среды способов воспроизводства пищи, лекарственных препаратов, энергоносителей и добычи полезных ископаемых. 34