Одна из ключевых проблем в разработке единой классификации живого мира заключается в том, что внешнее сходство может быть обманчивым. 3 Многие виды мимикрируют под более защищённых особей, при этом относятся к разным родам, а иногда даже классам. 3 Например, муха-журчалка по внешнему строению схожа с осой, однако это представители разных отрядов насекомых. 3

Также внешнее сходство организмов, проживающих в одной среде обитания, усложняет использование морфологического критерия в систематике. 3 Например, червяга — безногое пресмыкающееся — на первый взгляд очень похоже на змею, однако они относятся к разным отрядам. 3

Ещё одна проблема — несовершенство существующей макросистемы, в которой, например, не нашлось места такой группе живых организмов, как вирусы. 1