Гипотеза эндосимбиоза происхождения пластид заключается в том, что пластиды возникли из цианобактерии (сине-зелёной водоросли), поглощённой гетеротрофным эукариотом. 3 Эта цианобактерия не переварилась, а осталась внутри эукариотической клетки в качестве новой фотосинтезирующей органеллы. 3

В дальнейшем представители разных ветвей эукариот приобретали пластиды путём вторичного эндосимбиоза, захватывая клетки красных и зелёных водорослей. 3

Таким образом, пластиды, возникшие в результате однократного первичного симбиоза праводоросли с цианобактериями, затем передавались между таксонами путём вторичных или даже третичных симбиозов. 1