Функция кэпа в процессинге РНК заключается в следующем:

• Защита молекулы РНК от экзонуклеаз, которые работают с 5'-концом. 5 Кэп не позволяет им расщеплять 5',5'-трифосфатную связь, соединяющую кэп и мРНК. 13
• Стимуляция эндонуклеолитического расщепления 3'-конца мРНК. 13
• Регулирование транспорта РНК между ядром и цитоплазмой. 3 Кэп регулирует экспорт малых ядерных РНК в цитоплазму для созревания и обратный транспорт в ядро. 1
• Обеспечение стабильности молекул РНК благодаря неспецифической связи 5'-5'. 4
• Участие в связывании мРНК с рибосомой и начале трансляции. 5

Таким образом, кэп способствует эффективному процессингу пре-мРНК, экспорту мРНК из ядра и защите от быстрой деградации. 13