Эволюционное преимущество крупных эукариотических клеток заключается в следующем:

• Увеличение поверхности мембраны. 1 Большой объём эукариотических клеток требует значительного увеличения поверхности их мембраны по сравнению с клетками прокариот. 1 Для сохранения необходимого соотношения площади поверхности и объёма большие эукариотические клетки увеличивают свою поверхность за счёт изгибов, складок и других усложнений формы мембраны. 1
• Наличие цитоскелета. 1 Внутренний скелет (цитоскелет) определяет форму клеток, их способность двигаться и перемещать органеллы из одной части клетки в другую. 1
• Асимметричная архитектура генома. 2 Эукариотам не нужны копии генома по всей клетке, как прокариотам. 2 Для большинства генов эукариоты поддерживают одну или две копии в ядре, что энергетически гораздо дешевле. 2 Это различие позволило эукариотам значительно увеличиться в размерах, не сталкиваясь с теми же энергетическими ограничениями, что и прокариоты. 2