Эффект основателя в биологии — явление снижения и смещения генетического разнообразия при заселении малым количеством представителей рассматриваемого вида новой географической территории. 5

При таком заселении малое количество исходных особей, имеющих частоты аллелей генов (или других генетических маркеров), случайно отклоняющиеся от характерных для вида в среднем, дают начало новым популяциям. 5 В образовавшихся популяциях частоты рассматриваемых аллелей будут так же смещены, как и в исходной группе особей. 5

Считается, что в крайних случаях эффект основателя приводит к видообразованию и последующей эволюции новых видов. 4

Эффект основателя имеет большое значение для филогенетики популяций — изучения степени родства между популяциями и путей расселения видов. 5