Эффект основателя — явление снижения и смещения генетического разнообразия при заселении малым количеством представителей рассматриваемого вида новой географической территории. 12

При таком заселении малое количество исходных особей, имеющих частоты аллелей генов (или других генетических маркеров), случайно отклоняющиеся от характерных для вида в среднем, дают начало новым популяциям. 12 В образовавшихся популяциях частоты рассматриваемых аллелей будут так же смещены, как и в исходной группе особей. 1

Эффект основателя имеет большое значение для филогенетики популяций — изучения степени родства между популяциями и путей расселения видов. 1 Также он используется для оценки путей расселения древних людей и степени родства между современными популяциями или народами. 1