Биологическое значение синапса между гомологичными хромосомами заключается в повышении генетического разнообразия среди потомков одного скрещивания и в популяции в целом. 12

Некоторые аспекты этого значения:

• Генетическая рекомбинация. 15 Во время синапса происходит обмен участками гомологичных хромосом, что даёт новые комбинации аллелей генов в половых клетках и новые комбинации признаков. 15
• Увеличение количества полезных генов. 1 Повторяющаяся в поколениях рекомбинация позволяет генам перемещаться независимо друг от друга, что в ряду поколений повышает количество полезных генов и уменьшает — вредных. 1
• Сохранение постоянства хромосомного набора. 5 В результате мейоза, в процессе которого происходит синапс, набор хромосом становится в два раза меньше, что способствует этому процессу. 5

Таким образом, центральной функцией синапса является идентификация и спаривание гомологичных хромосом, что является важной составляющей мейоза. 13